Отдел по предоставлению прав пользования водными объектами
Управление по охране, контролю и регулированию использования объектов животного мира
Отдел выдачи лицензий и государственного учета объектов животного мира
Отдел планирования, бухгалтерского учета и отчетности
Отдел реализации программ природопользования и управления имуществом
Отдел Государственного контроля за использованием объектов животного мира
Отдел информационных ресурсов и мониторинга
Отдел геологии и лицензирования недропользования
Отдел работы с особо охраняемыми природными территориями и биоразнообразия
Отдел экономики и финансового обеспечения
Отдел экологической безопасности
Организационно-аналитический отдел
Отдел государственной службы, кадров и юридического обеспечения